Proszę postępować według instrukcji: http://pomoc.fakturownia.pl/139039-Integracja-fakturowni-ze-sklepem-internetowym-siteor-pl-.
W opcjach “Ustawienia sklepu” znajdzie Pani rubrykę “Jaki dokument wystawiać” i tam należy zmienić opcję “zawsze fakturę VAT” na inną.